2002-2003 йилги мавсумда Фернандо анча яхши ўйин кўрсата бошлайди. 29 ўйинда 13 бор рақиб дарвозасига тўп киритган Торрес жамоасининг 11 поғонани эгаллашига анча ёрдам беради. Шундан сўнг “Эль Ниньо” учун бир нечта жиддий трансфер таклифлари келиб тушади. Улардан бири “Челси” клуби эгаси Роман Абрамовичдан келган таклиф эди. Роман 19 ёшга тўлиб улгурмаган Фернандони 28 миллион фунт стерлингга сотиб олиш истагидалигини айтади. Аммо “Атлетико” клуби раҳбарияти бу таклифни рад этади.
2003-2004 йилги мавсум Торрес учун жуда ҳам омадли бўлган. У ўша мавсумда 35 ўйинда 19 гол уриб Ла Лиганинг тўпурарлар рўйҳатида учинчи ўринни қўлга киритади. Ундан ташқари, Фернандо ўша йили “Атлетико”нинг сардорига айланади. Ҳали хамон у Ла лига тарихидаги энг ёш сардорлигича қолмоқда. 2004 йил “қизил-оқлар” 7 ўринни қўлга киритиб УЕФА Интертото кубогига йўлланма олади. Бу турнир Торреснинг Европа клублари миқёсидаги илк мусобақаси ҳисобланади. Торрес ўша турнирда 5 ўйинда 2гол киритади. Унинг жамоаси финалгача етиб бориб “Вильяреал”га ютқазиб қўяган.
Кейинги мавсум ҳам “Атлетико” учун аввалгисидан фарқ қилмади. Жамоа яна еврокубокларга йўлланма қўлга кирита олмади. Мамлакат кубоги ярим финалида “Осасуна”га ютқазиб қўйди. Торрес мавсумда 16та гол киритди. Лекин бу мавсум Фернандо учун исбатан яхши ўтди. Негаки “Эль Ниньо” Испания термасининг асосий футболчиси сифатида кўзга ташланди. Ундан ташқари ЖЧ 2006 саралашида энг яхши тўпурарлардан бири бўлди.
2006 йил Торрес учун катта фаҳр тўйғусини берди. Тўғри, ўша мавсум ҳам “Атлетико” доимгидек ўртамёна ўйин кўрсатди. Лекин терма жамоа ва ЖЧ Фернандога ажойиб кайфият тақдим этган эди. “Мавсумнинг энг яхши дамлари мен учун Германияда бўлиб ўтган жаҳон чемпионатида терма жамоа билан бўлганим бўлди. Дунёнинг энг йирик турнирида биринчи терма жамоа сафида ўйнаш ва кучли жамоалар билан тўқнаш келиш мен учун орзу эди. Телевизорда жамоамнинг мағлубиятларини кўриб, кўп азоб чекканимни эслайман, аммо энди ўзим тарих ёзишим мумкин эди” дея Торрес ўз фикрлари билан ўртоқлашганди.
Торрес гурух босқичида 3 учрашувда 3 гол киритиб тўпурарлар рўйхатида 1 ўринда эди. Аммо “қизил фурия” 1/8 финалда “Франция”га мағлуб бўлиб ортига қайтган эди. Ўша пайтдаги Фернандони тасаавур қилиш мумкин. Не-не умидлар ва орзулар билан тўп тепган йигитчанинг келажаги ҳали олдинда эди. Унинг “Испания” билан соврин ютишига ҳали 2 йил бор эканлигини у қаердан ҳам биларди.
Жаҳон чемпионатидан сўнг Фернандо бир қанча таклифларни рад этди ва "матрасчилар" билан 2009 йилгача шартнома имзолади. 2006/07 йилги мавсумда "Атлетико" узоқ вақт Европа мусобақалари учун йўлланма бериладиган ўринларда борди, аммо сўнгги турда ҳаммаси ўзгариб кетди. Яна бир бор Торрес ёзги таътилга ҳафсаласи пир бўлиб чиқди. Мавсумдаги барча машаққатли меҳнат беҳуда кетди.
Ёзнинг яхши кунларидан бирида Фернандонинг уяли телефони жиринглади. Рақам чет элники эди Торрес бу қонғироққа жавоб бермагани хақида айтган. Аммо эртаси куни Рафа Бенитес Фернандога қўнғироқ қилиб, режалари ва ғоялари ҳақида гапириб берди. Торрес бу сафар уларнинг таклифини қабул қилди. Испаниялик футболчи "Энфилд"га мухлислар, жамоадошлари ва "Атлетико"нинг барча ходимлари билан хайрлашгандан кейингина етиб борди. “Эль Ниньо” Мадридда бўлганида унга жуда яхши муносабатда бўлганликлари учун уларга миннатдорчилик билдирган.
Клубга қўшилгандан сўнг мухлислар уни олқишлай бошлашди ва у ўзининг биринчи голини урганидан сўнг, унинг хурмати жуда ҳам ошиб кетди. У клубдаги дастлабки олти ойда уч марта ойнинг энг яхши футболчиси деб топилди, унинг шарафига қўшиқлар куйланди ва клуб афсоналари - Кенни Далглиш ва Робби Фаулер билан солиштирилди. “Эль Ниньо” эса голлар ва чиройли ўйинида давом этди. Ўзининг биринчи мавсумида у “ливерпуль” сафида Робби Фаулердан кейин биринчи марта Премер-лигада 20 дан ортиқ гол уришга муваффақ бўлди. ўзининг дебют мавсумида хорижликлар томонидан киритилган голлар сони бўйича рекордни янгилади. Шунингдек, Рожер Хантнинг рекордини янгилаб, кетма-кет саккизта уй ўйинида рақиб дарвозасини ишғол қилди.
Давоми бор.